正堂中间横梁挂有由马家宗亲捐赠、邯郸马计斌宗亲题词的匾额：“一脉传承化龙始祖；两岸携手英九日新”。正堂中心间设有神龛，神龛正中是顶端书有“扶风堂”三个大字的灵位牌。中心间两侧的大立柱，大红楹联写的是：“立铜柱以标功绩青海重光；设绛帐而授生徒白眉继烈”。
宗祠所在地清流县赖坊乡是国家级历史文化名村、省级历史文化名乡。保存有较好古建筑风貌的马氏宗祠，不仅对研究闽西地区宗祠建筑的格式及布局等有着重要意义，同时，也充分见证了海峡两岸马氏族人同根同源、一衣带水的浓浓亲情。
马氏宗祠正堂坐西朝东，堂门外“八”字开。面阔三间，进深五柱，抬梁穿斗式互混梁架结构，除房屋自身的举架结构外，没有多余的装饰件，整体风格素朴。门外鹅卵石铺砌的大坪上，矗立着两根石质旗杆。
